การดำเนินงานการบำบัดรักษาผู้ติดยาเสพติดขั้นฟื้นฟูสมรรถภาพรูปแบบชุมชนบำบัด ประสพผลดีพร้อมทั้งมีการพัฒนางานให้ก้าวหน้าขึ้นเป็นลำดับ มีการพัฒนาให้เหมาะสมกับคนไทย ซึ่งสามารถช่วยให้ผู้ป่วยเฮโรอีนสามารถเลิกได้จำนวนมาก แม้จะใช้เวลานาน 1 ปีครึ่งถึง 2 ปี ในการฟื้นฟู และได้มีการขยายงานด้านนี้ต่อไปอีก ในช่วงผู้อำนวยการนายแพทย์ธงชัย อุ่นเอกลาภ โดยจัดตั้งศูนย์ชุมชนบำบัดเช่นนี้ขึ้นอีก “ศูนย์ชุมชนบำบัดธัญญารักษ์ แห่งที่ 2 และ 3” เปิดดำเนินการ วันที่ 9 มกราคม พ.ศ. 2532 แต่ละศูนย์รับผู้ป่วยหรือสมาชิกได้ 50 เตียง และต่อมาในวันที่ 2 มกราคม พ.ศ. 2534 ได้ดำเนินการเปิดศูนย์ชุมชนบำบัดสำหรับผู้หญิงขึ้น สามารถรับสมาชิกหญิงได้ 35 เตียง และได้พยายามดำเนินการฟื้นฟูสมรรถภาพแบบชุมชนบำบัดสำหรับผู้ป่วยนอกด้วย

พ.ศ. 2534 นอกจากหน้าที่ให้การบำบัดรักษาผู้ติดยาและสารเสพติดแล้ว โรงพยาบาลธัญญารักษ์ได้รับมอบหมายให้เป็นสถานที่ฝึกอบรมให้กับแพทย์ พยาบาล เจ้าหน้าที่สาธารณสุข ทั่วประเทศ ในหลักวิชาการด้านยาเสพติด ได้เปิดอาคารถาวรตึกฝึกอบรม เป็นอาคาร 2 ชั้น

พ.ศ. 2535 โรงพยาบาลธัญญารักษ์ ได้จัดส่งบุคลากรร่วมทีมงานจากหลายหน่วยงาน ในสังกัดกรมการแพทย์ และจากสถานพยาบาลยาเสพติดต่างๆในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขเข้าร่วมปฏิบัติงานในระยะเตรียมการก่อนรักษา และการบำบัดรักษาขั้นถอนพิษยา ให้กับชาวไทยภูเขาเผ่าต่างๆ ในเขตพื้นที่ทรงงานโครงการพัฒนาดอยตุง อันเนื่องมาจากพระราชดำริของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี โดยมี ม.ร.ว.ดิศนัดดา ดิศกุล เป็นกำลังสำคัญในพื้นที่ ส่วนการบำบัดรักษาขั้นฟื้นฟูสมรรถภาพ ได้เลือกใช้วิธีการรูปแบบชุมชนบำบัด โดยส่งบุคลากรจากโรงพยาบาลธัญญารักษ์ขึ้นไปช่วยดำเนินงานจนครบตามโครงการ 1,000 วัน ในการดำเนินการของโครงการนี้ ได้รับพระกรุณาจากพระราชดำรัสของสมเด็จย่าเป็นแนวทางของชาวธัญญารักษ์ ที่มีรับสั่งว่า “คนที่ติดยาเขาเป็นคนหรือเปล่า ในเมื่อเขาเป็นคน เรามีการช่วยเหลือเขาได้ไหม ถ้าช่วยเหลือเขาได้ เท่ากับชุบชีวิตใหม่ให้เขา ... เราก็ควรทำ”

พ.ศ. 2535 เปิด “ศูนย์การศึกษาธัญญารักษ์” สอนวิชาสายสามัญและสายวิชาชีพ ให้กับผู้ป่วยในระยะ ฟื้นฟูสมรรถภาพ ได้รับการสนับสนุน หลักสูตรการศึกษาสายสามัญจากศูนย์การศึกษานอกโรงเรียน จังหวัดปทุมธานี และได้รับการสนับสนุนอาจารย์ประสานงานประจำจาก กองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ

พ.ศ. 2537 เปิดดำเนินการอาคารถาวรของศูนย์ชุมชนบำบัดผู้ป่วยนอก “อาคารเฉลิมพระเกียรติ” สร้าง และบริจาค โดย ดร.มงคล และ ดร.วนิดา วัฒนเกียรติสรร บริษัท เมอร์รี่คิงส์ ดีพาร์ทเม้นต์สโตร์ จำกัด เป็นจำนวนเงิน 4,000,000 บาท

พ.ศ. 2537 อธิบดีกรมการแพทย์ พลเรือตรีนายแพทย์วิฑุร แสงสิงแก้ว ได้สนับสนุนงบประมาณก่อสร้างตึกอำนวยการหลังใหม่ เป็นอาคาร 5 ชั้น วงเงิน 187,600,502 บาท

ได้มีการปรับโครงสร้างหน่วยงานของกรมการแพทย์ ได้มอบหมายให้โรงพยาบาลธัญญารักษ์ รับโอนศูนย์บำบัดรักษาในส่วนภูมิภาค 5 แห่ง ของกรมการแพทย์มาอยู่ในความดูแล ตั้งแต่ วันที่ 1 ตุลาคม 2538 ตาม พระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมการแพทย์ ได้แก่ ศูนย์บำบัดรักษายาเสพติดภาคเหนือ จังหวัดเชียงใหม่ ศูนย์บำบัดรักษายาเสพติดภาคใต้ จังหวัดสงขลา ศูนย์บำบัดรักษายาเสพติดภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จังหวัดขอนแก่น ศูนย์บำบัดรักษายาเสพติดจังหวัดปัตตานี ศูนย์บำบัดรักษายาเสพติดจังหวัดแม่ฮ่องสอน